Hola Suhaas,
Supongo que debería estar claro para ti que el apuntador al jquery utilizado se genera en el archivo head.begin.vm de velelocity. Por defecto es "jquery-1.4.2.min.js"
#set($jsextheadcorefiles=
La versión física en tu entorno de desarrollo se encuentra en el DC wec/frw/tc/jquery/lib DC
Así que solo necesitas tomar el archivo jquery más nuevo y colocarlo de la misma manera en un nuevo DC, que luego se agregará a tu tema DPU o agregar directamente el jquery en tu tema personalizado DPU. Asegúrate de que la ruta esté en línea con tu propio espacio de nombres
p. ej. recurso/
<mynamespace>/
comp.theme/templates/jquery/lib/
jquery-x.x.x.min.js
y también debes reemplazar en este caso el head.begin.vm
#set($jsextheadcorefiles=
No tuve tiempo de probarlo, pero debería funcionar de esta manera.